【科研小工具】就沒見過(guò)這么牛氣的腫瘤甲基化和表達(dá)聯(lián)合分析查詢數(shù)據(jù)庫(kù)

發(fā)稿時(shí)間：2018-01-25來(lái)源：天昊生物

如何不做試驗(yàn)探究甲基化是否在腫瘤樣本中調(diào)控基因的表達(dá)水平，我第一個(gè)要查的就是這個(gè)牛氣的數(shù)據(jù)庫(kù)：

MethHC

http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

有時(shí)間的老師請(qǐng)繼續(xù)往下看，它的功能比我們預(yù)想的還要豐富。

數(shù)據(jù)庫(kù)特點(diǎn)

• 收錄數(shù)據(jù)： DNA甲基化、基因表達(dá)、microRNA甲基化、microRNA表達(dá)， TCGA (The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫(kù)的基因表達(dá)和甲基化的關(guān)系，一共包括超過(guò)6000例樣本的18個(gè)癌種的6,548個(gè) microarray 和12,567個(gè) RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)。
• 顯著優(yōu)于其他同類型甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)，該網(wǎng)站直接給出多數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比表格?？偨Y(jié)起來(lái)，

優(yōu)勢(shì)體現(xiàn)在更新及時(shí)；數(shù)據(jù)量大且類型多樣；同時(shí)包括miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)和甲基化數(shù)據(jù)，能更快速直接的探究miRNA和甲基化是否調(diào)節(jié)目的基因的表達(dá)。

• 數(shù)據(jù)庫(kù)整體分析流程：整合分析TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的甲基化水平，mRNA表達(dá)和microRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，其中重點(diǎn)關(guān)注了基因mRNA水平和甲基化水平的相關(guān)性；miRNA的甲基化信息。

• 甲基化分析更細(xì)致：除了傳統(tǒng)的基因整體甲基化分析，還可細(xì)分多種基因區(qū)域 (promoter,enhancer, TSS1500, TSS200, 5'UTR, first exon,gene body ,3'UTR,CpG islands/CPG island regions, shelves and shores)

數(shù)據(jù)庫(kù)用法介紹

• 搜尋不同癌種的Top250差異甲基化基因，超高甲基化基因和超低甲基化基因。

• 有目的的進(jìn)行搜索。

• 一個(gè)基因在某個(gè)癌種中的甲基化差異分析圖（會(huì)針對(duì)不同轉(zhuǎn)錄本分別繪制）。

點(diǎn)擊某個(gè)具體癌種對(duì)應(yīng)的圖形，可得到具體表達(dá)水平（可選不同探針）和甲基化水平（可選不同區(qū)域）的相關(guān)性。

                                     還有原始數(shù)據(jù)可以下載