【科研小助手】SSR分析利器之：POPGENE

發(fā)稿時間：2018-02-09來源：天昊生物

一、軟件簡介：

POPGENE軟件是由Francis Yeh、Rongcai Yang和Timothy Boyle共同開發(fā)的用于分析群體間及群體內(nèi)遺傳變異的一款免費軟件。該軟件主要基于Windows操作系統(tǒng)，使初學者更容易進行群體遺傳學分析，完成科學可靠的數(shù)據(jù)統(tǒng)計。目前最新的POPGENE版本為1.32，專為使用單倍體和二倍體數(shù)據(jù)分析共顯性和顯性標記而設(shè)計的。POPGENE可以進行常用的遺傳統(tǒng)計（例如，等位基因頻率、基因多樣性、遺傳距離、G-statistics、F-statistics）和復雜的遺傳統(tǒng)計（例如，基因流，中性檢驗，連鎖不平衡，多位點結(jié)構(gòu)分析等）。軟件數(shù)據(jù)處理限制： 1400個群體，150個組，1000個位點和一個位點最多52個等位基因型數(shù)據(jù)。

軟件網(wǎng)址：https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.html

二、軟件界面及指令介紹：

 

  

 

Co-Dominant Marker：共顯性標記，即同時能檢測出顯性和隱性等位基因，能夠區(qū)分純合和雜合基因型的遺傳標記。

Dominant Marker：只能按有無擴增條帶進行分析，并且無法區(qū)分雜合基因型的遺傳標記。

Co-Dominant Marker Data：調(diào)用co-dominant 標記數(shù)據(jù)進行群體遺傳分析。

Dominant Marker Data：調(diào)用dominant 標記數(shù)據(jù)進行群體遺傳分析。

Quantitative Trait Data：調(diào)用數(shù)量性狀數(shù)據(jù)進行群體遺傳分析 。

  

 

1、窗口菜單Haploid Data可以分析內(nèi)容包括：

Gene Frequency：利用原始數(shù)據(jù)評估每個位點的基因頻率。

Allele Number：等位基因的數(shù)量統(tǒng)計。

Effective Allele Number：純合性評估。

Polymorphic Loci：具有多態(tài)性位點占所有位點百分比。

Gene Diversity：Nei’s基因多樣性評估。

Shannon Index：Shannon信息指數(shù)，基因多樣性程度的評估指標。

Homogeneity Test：構(gòu)建雙向列聯(lián)表并對群體基因頻率進行卡方和似然比檢驗。

F-Statistics：對Nei’s的G_ST等進行評估。

Gene Flow：通過G_ST或者F_ST對基因流進行評估。

Genetic Distance：判斷 Nei’s及無偏遺傳特性和遺傳距離。

Dendrogram：用 UPGMA 繪制基于 Nei’s 遺傳距離的樹形圖。

Neutrality Test：進行Ewens-Watterson中性檢驗。

Two-locus LD：判斷位點和卡方檢驗的配子不平衡。

Brown：計算觀察到的和預(yù)期的K值，以及群體隨機選擇到雜合位點的數(shù)目。

Smouse：最常出現(xiàn)的等位基因為1，其他等位基因為0。用于估計群體內(nèi)平均位點間相關(guān)性。

2、窗口菜單Diploid Data可以分析內(nèi)容包括：

Genotypic Frequency: 根據(jù)原始數(shù)據(jù)估計co-dominant markers在每個位點基因型觀察頻率。

HW Test：在隨機雜交的情況下，計算預(yù)期的基因型頻率，并且對每個位點進行Hardy-Weinberg平衡的卡方檢驗和似然比檢驗，僅限于共顯性標記。

Fixation Index：利用F_IS作為雜合子缺失或過量的評估標準。

Obs. Homozygosity：判斷給定位點觀察到純合子的比例。

Exp. Homozygosity：判斷隨機雜交的情況下預(yù)期純合子的比例。

三、數(shù)據(jù)格式（以Diploid Data為例）

 

 

 

四、結(jié)果展示：

文件基本信息：

 

等位基因頻率信息：

 

位點統(tǒng)計結(jié)果：

 

 

關(guān)于天昊：

天昊生物擁有多種SSR檢測平臺及SSRseq^TM等專利技術(shù)，可以根據(jù)客戶項目需求，提供不同數(shù)量樣本和位點的高性價比微衛(wèi)星檢測服務(wù)。