【科研小助手】SSR信息不夠全，兩款小工具幫您添！

發(fā)稿時(shí)間：2018-03-06來(lái)源：天昊生物

小勤：聽說(shuō)你們天昊生物的SSRseq^TM專利技術(shù)在進(jìn)行SSR基因分型時(shí)，既準(zhǔn)確又高效，不僅可以“比大小”，還能“看序列”，我也準(zhǔn)備試一試。

昊昊：好啊，在正式檢測(cè)之前，我們需要對(duì)您的目標(biāo)SSR進(jìn)行前期評(píng)估。您需要提供一下SSR區(qū)域及引物序列，以及重復(fù)單元組成、數(shù)目、產(chǎn)物片段大小等信息就好。

小勤：?。浚∥医邮謳熜值恼n題，他走的時(shí)候只給我丟下了一堆SSR和引物序列，我要自己整理這些信息，可得數(shù)到哪一天才算是個(gè)頭??！~~

昊昊：這個(gè)你問(wèn)我啊，我給您推薦兩款在線小工具，讓這些工作分分鐘搞定。

一、SSRIT - Simple Sequence Repeat Identification Tool

網(wǎng)址: http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

首頁(yè)簡(jiǎn)介：

1、設(shè)置參數(shù)：

a) 選擇期望找到的最長(zhǎng)重復(fù)單元長(zhǎng)度（maximum motif-length）。

b) 將FASTA格式的目標(biāo)SSR序列粘貼到文本框中，點(diǎn)擊“FIND SSRs”，你想要的SSR相關(guān)信息即可獲得。

SSRIT在線工具說(shuō)明清楚，操作及結(jié)果呈現(xiàn)簡(jiǎn)單明了，初學(xué)者極易上手。該工具就是有一個(gè)小缺點(diǎn)—網(wǎng)頁(yè)刷新有些慢，需要有些耐心哦。

二、Imperfect SSR Finder

網(wǎng)址: https://ssr.nwisrl.ars.usda.gov/

首頁(yè)簡(jiǎn)介：

Imperfect SSR Finder在線工具分為兩頁(yè)呈現(xiàn)，第一頁(yè)同樣是對(duì)尋找的SSR信息的參數(shù)設(shè)置，該工具不僅可以尋找標(biāo)準(zhǔn)的SSR重復(fù)單元信息，而且可以根據(jù)用戶設(shè)置尋找一些不標(biāo)準(zhǔn)的SSR重復(fù)單元信息，具體設(shè)置方法分別在“Perfect SSR Minimums”和“Imperfect SSR Minimums”兩個(gè)板塊進(jìn)行。

當(dāng)根據(jù)網(wǎng)頁(yè)說(shuō)明設(shè)置好參數(shù)后，即可點(diǎn)擊屏幕左下角的“Go to Step2”按鈕。

之后，同樣的將FASTA格式的SSR序列粘貼到文本框中，點(diǎn)擊“Process!”即可提交信息。