【科研小助手】“iSeq”--不只是illumina最新測序平臺，還可以是RNA-seq在線分析平臺

發(fā)稿時間：2018-03-19來源：天昊生物

轉錄組測序( RNA-seq )已成為單堿基分辨率基因組特性和轉錄本定量分析的標準實驗方法。然而，大量測序數據的后續(xù)分析對于傳統(tǒng)生化實驗室研究人員（wet-lab researchers）來說可是一項令人望而卻步的工作，迫切需要一個功能集成和用戶友好的平臺來滿足這一需求。北京大學李程課題組2018年最新發(fā)表的文獻，報道了一個基于R語言的網絡在線平臺iSeq，用于RNA-seq序列數據分析和可視化。

iSeq在線工具網址：http://202.205.131.33:3838/iSeq/

首頁展示：

iSeq是一個利用R語言的Shiny框架搭建的網頁應用平臺，具有簡單的用戶界面和多個數據分析模塊。沒有編程和統(tǒng)計技能的用戶也可以分析其RNA-seq數據，并可以繪制出較高質量的圖表。iSeq可通過任何操作系統(tǒng)上的網頁瀏覽器進行訪問。

iSeq工作流程圖：

iSeq數據輸入格式：

數據來源：http://202.205.131.32:3838/NAT.Condition.csv

分析圖表舉例：

iSeq網站接受上傳的Excel數據，幾步式操作非常簡單易學，提供RNA-seq檢測最常用的基因表達差異表、火山圖、聚類圖、PCA圖以及GO注釋等分析結果。網站處理速度較快，適合初級用戶RNA-seq數據個性化調整與分析。

小小的不足可能是目前在GO分析時，只提供人和小鼠物種選項，在KEGG富集、Venn圖等分析時，仍需要借助第三方網站工具支持，并且無法完成如“融合基因鑒定”、“可變剪切分析”、“新轉錄本預測”等高級生信分析。

天昊生物具有多年RNA-seq檢測與分析經驗，可以為用戶提供多物種、全方位、一站式轉錄組測序分析專業(yè)服務。

天昊生物RNA-seq數據分析流程圖：

生物信息分析內容：

1、基本分析：

• 原始數據整理、過濾及質量評估
• 參考基因組注釋信息整理
• 比對到參考基因組及結果評估
• mRNA表達定量分析
• mRNA差異表達分析
• 差異表達基因 GO和KEGG富集分析

2、高級分析：

• 可變剪切分析 
• 新轉錄本預測
• 融合基因分析
• SNV/InDel分析

3、個性化分析：

……

趕快來吧，期待成為您轉錄組測序分析的優(yōu)質服務提供商！