【昊工具】好用到飛起來的癌癥候選基因數(shù)據(jù)庫-The Network of Cancer Genes (NCG)

發(fā)稿時間：2019-01-22來源：天昊生物

數(shù)據(jù)庫背景信息

由于越來越多的測序研究不斷擴(kuò)充癌癥基因的相關(guān)數(shù)據(jù)，研究者急需一個能時時更新的癌癥基因綜合信息數(shù)據(jù)庫。因此，研究者在2010年開始建立The Network of Cancer Genes (NCG)數(shù)據(jù)庫，旨在從大量癌癥測序數(shù)據(jù)中收集匯總癌癥基因并給予詳細(xì)注釋。

NCG基于專家對癌癥測序篩查研究的分析總結(jié)，提取出原始文獻(xiàn)中癌癥基因，并且收集分析該基因各方面的特征性質(zhì)信息（簡單來說，這是一個基于測序研究手動整理的癌癥候選基因百科全書）。目前最新版NCG，共包括了2372個癌癥基因?；?75篇已發(fā)表文章，這些基因的體細(xì)胞改變具有已知或預(yù)測具有癌癥驅(qū)動作用。NCG同時注釋了癌癥基因的特性，例如多倍性，進(jìn)化起源，RNA和蛋白表達(dá)，miRNA和蛋白互做，以及蛋白功能和其它一些基本特性。NCG目前已更新到第六版，與舊版相比，新版囊括的內(nèi)容增加了1.5倍，可在以下地址訪問http://ncg.kcl.ac.uk/。

圖：2372個癌癥候選基因來源（2個癌癥數(shù)據(jù)庫+273篇癌癥測序文章）。

數(shù)據(jù)庫使用體驗(yàn)

• 首頁（支持多種搜索模式）

•  以BRCA1為例，搜索結(jié)果頁面內(nèi)容

 基本信息模塊(各種NCBI序列編號與鏈接“一網(wǎng)打盡”)

 癌癥基因信息模塊

1 Cancer information：提示BRCA1為腫瘤驅(qū)動基因的文獻(xiàn)列表（包括技術(shù)平臺，分析平臺，癌種等信息）

2 Duplicability（倍性）：體現(xiàn)BRCA1基因編碼蛋白序列在基因組的比對情況

3 Orthology  BRCA1基因的直系同源情況

4Network Properties：BRCA1蛋白互做情況

5Gene Expression in Normal Tissues：包括2個基因表達(dá)數(shù)據(jù)（GTEx和Protein Atlas）和1個蛋白表達(dá)數(shù)據(jù)（Protein Atlas）

6 Gene Expression in Cancer Cell Lines：列舉了三個數(shù)據(jù)庫中腫瘤細(xì)胞系中該基因表達(dá)情況（Cancer Cell Lines Encyclopedia (CCLE)；Cosmic Cancer Cell Lines Project (CLP)；Genentech dataset (GNE)）

7 Essentiality：BRCA1基因?qū)τ诩?xì)胞系存活的必須性（來源于OGEE和PICKLES 數(shù)據(jù)庫）

8  Protein Function：蛋白參與的通路信息（來源于KEGG,Reactome，BioCarta三個數(shù)據(jù)庫）

9 miRNA-gene interactions：互做miRNA信息

結(jié)語：如果準(zhǔn)備開展一個腫瘤基因的功能研究，先來NCG數(shù)據(jù)逛一逛，一定可以少走很多彎路哦~