【昊閱讀】豬年伊始的單核苷酸多態(tài)性（SNPs）5分+文章都在研究什么？?

發(fā)稿時間：2019-02-22來源：天昊生物

案例1：SNP與尿液代謝物相關性分析（IF 7.297）

PMID:30703610

背景：

單核苷酸多態(tài)性（SNPs）可能影響砷甲基化效率，進而影響砷代謝?；?環(huán)境相互作用是否影響妊娠期間的砷代謝尚不清楚，這可能對妊娠結局有影響。

目的：

研究者主要想探究砷代謝相關基因SNP與砷代謝產物的相關性，以及潛在的SNP-砷相互作用對孕婦砷甲基化效率的影響。

方法：

研究者在孟加拉國招募了1613名孕婦，并從每位參與者收集了兩份尿液樣本，一份在懷孕4-16周，第二份在懷孕21-37周。從每個樣品的總尿砷水平確定了每種砷代謝物[無機砷（iAs）％，單甲基胂酸（MMA）％和二甲基胂酸（DMA）％]的比例?；谇捌谘芯刻崾镜纳榇x相關基因（包括As3MT，N6AMT1和GSTO2基因），研究者選擇了63個候選SNP用于分型。研究者使用線性回歸模型來評估每個SNP和DMA％的相關性（加性模型），以及與DMA％相關的SNP-砷相互作用。這些分析分別針對兩個尿液收集時間點進行，以捕獲對砷毒性易感性的差異。

結果：

圖：2次樣本的三種代謝物占比圖

• 第一次尿液樣本的代謝物平均水平：iAs% = 9.82%, MMA% = 5.36%, DMA% = 84.80% ，第二次尿液樣本的代謝物平均水平： iAs% = 8.7%, MMA% = 5.2%, DMA% = 86.01% 。
• As3MT的內含子多態(tài)與妊娠早期DMA％相關：rs9527（β= -2.98％，P_FDR = 0.008）；rs1046778（β= 1.64％，P_FDR = 0.008）。rs3740393（β= 2.54％，P_FDR = 0.002）和rs1046778（β= 1.97％，PFDR = 0.003）與妊娠中晚期DMA％相關。此外，As3MT，GSTO2和N6AMT1多態(tài)性在DMA％上顯示出不同的效應大小（控制了砷暴露水平）。然而，在調整錯誤發(fā)現(xiàn)率（FDR）后，SNP-砷相互作用在統(tǒng)計學上不顯著。 N6AMT1中的rs1048546在妊娠中晚期的SNP-砷相互作用中具有最高的顯著性水平（β= -1.8％ vs 1.4％，PGxE_FDR = 0.075）。
• As3MT和As3MT / CNNM2單倍型在兩個時間點與DMA％相關。

結論：

研究發(fā)現(xiàn)，并非所有已報道的砷甲基化效率的遺傳關聯(lián)位點都能在孕婦樣本中得到驗證。砷暴露水平對改變遺傳變異與砷甲基化效率之間的關聯(lián)影響有限。

案例2：SNP與化療藥物副作用（IF 6.544）

PMID:30739312

背景：

紫杉烷相關的周圍神經病變（TrPN）是一種劑量限制性毒性，具有顯著的個體間差異性。 ADME（drug transporter and metabolizing enzymes）基因中的遺傳多態(tài)性可以解釋藥物功效和/或毒性的可變性。

方法： 

通過使用Affymetrix DMETTM微陣列平臺( 藥物代謝酶和轉運蛋白遺傳 (DMET芯片) ，在一項包括79例化療患者的回顧性病例對照研究中，研究了ADME多態(tài)性與級別≥2-3的紫杉烷相關的周圍神經病變（G≥2-3TrPN）之間的相關性。結果：在乳腺癌（BC）訓練集樣本中，NR1I3和UGT2B7基因中的5個SNP與G≥2-3-TrPN保護相關。通過ROC曲線，在54個BC患者（17個病例和37個對照）的獨立樣本中驗證了G≥2-3-TrPN相關候選生物標志物。 NR1I3與紫杉醇-TrPN相關，UGT2B7與多西紫杉醇-TrPN相關。此外，發(fā)現(xiàn)了與BC患者預后相關的遺傳多態(tài)位點。

結論：

本研究結果可能有利于BC患者的個性化管理，可用于預防遺傳變異導致的治療失敗。

案例3：一個microRNA相關SNP功能研究

PMID:30739312  

背景：

全基因組關聯(lián)研究已經確定了200多種遺傳變異與多發(fā)性硬化（MS）的發(fā)病風險增加有關。但到目前為止，對這些功能變異的因果分子機制知之甚少。rs1414273為MS的候選功能位點，位于CD58基因，該基因同時轉錄編碼基因和一個microRNA.

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圖：來源于CD58基因的microRNA-548ac和SNP位置。

方法：

研究者探究了單核苷酸多態(tài)性（SNP）rs1414273的作用，其位于CD58基因的第一個內含子中的microRNA-548ac莖環(huán)序列內?；诔^1000名受試者的血液細胞來源的公共RNA測序和表達微陣列數(shù)據(jù)進行了表達數(shù)量性狀基因座（eQTL）分析。另外，在32名MS患者的外周血樣品中使用實時PCR檢測CD58轉錄本和成熟hsa-miR-548ac表達量。進行細胞培養(yǎng)實驗以評估依賴于基因型的Drosha介導的莖環(huán)加工效率并基于表達譜研究確定該microRNA的靶基因。

結果：

在不同的群體和數(shù)據(jù)集中，MS風險等位基因的攜帶者顯示CD58 mRNA水平降低和hsa-miR-548ac水平增加。細胞培養(yǎng)試驗證據(jù)證明SNP rs1414273可能改變Drosha切割活性，從而引起CD58基因表達和免疫細胞中共享初級轉錄物的microRNA-548ac產生的部分解偶聯(lián)。此外，研究發(fā)現(xiàn)microRNA調節(jié)的靶基因主要參與炎癥過程和控制蛋白質折疊和降解的平衡。

圖A：體外構建2種堿基對應的miRNA前體表達質粒；BCD：A堿基攜帶的質粒，表達出的成熟miRNA水平相比于G堿基下降10倍，提示A 堿基可能導致了頸環(huán)識別損傷，從而阻礙了成熟miRNA的形成。

結論：

揭示了CD58基因座對MS的調控新模式，提示更好地理解RNA加工事件可能有助于探究炎癥和神經疾病相關遺傳變異的功能。

截止到2019年1月，天昊生物的SNP分型平臺共發(fā)表文章366篇，總影響因子1057分。除了提供多種天昊生物專利SNP分型平臺，我們還提供多種SNP聯(lián)合分析的研究思路給您，確定不需要立刻聯(lián)系我們嗎？