【昊閱讀】別人的GWAS數(shù)據(jù)+m6AVar數(shù)據(jù)庫(kù)=4.5分?jǐn)?shù)據(jù)挖掘文章

發(fā)稿時(shí)間：2019-11-18來(lái)源：天昊生物

前段時(shí)間為大家介紹了2018年發(fā)表在NAR雜志上的m6AVar數(shù)據(jù)庫(kù) （鏈接：【昊工具】m6AVar數(shù)據(jù)庫(kù)：又一個(gè)熱點(diǎn)，前沿的寶藏?cái)?shù)據(jù)庫(kù)），我們提到這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)收集了可能影響m6A修飾的基因組SNP信息，因此是研究m⁶A相關(guān)變異和疾病間的關(guān)系的一種有用資源。今天小編就來(lái)帶大家閱讀一篇生信挖掘文章，一起來(lái)看看作者是如何利用公開(kāi)的GWAS數(shù)據(jù)和在線數(shù)據(jù)庫(kù)，闡述“m6A SNP---影響基因的m6A修飾---影響基因的表達(dá)---GWAS表現(xiàn)陽(yáng)性信號(hào)”這一可能的遺傳學(xué)機(jī)制并輕松發(fā)表IF4+的文章的吧！文章題目：In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.影響因子：4.522 PMID：31245852期刊年卷：J. Cell. Physiol. 2019 Jun 27

研究背景

※牙周炎（PD）是一種常見(jiàn)的炎癥性疾病,目前已報(bào)道的PD相關(guān)位點(diǎn)多位于非蛋白編碼區(qū)，很難解釋其功能。

※影響RNA m6A修飾的一組SNP，可能是一類重要的功能基因組位點(diǎn)。

研究方法

※下載PD 

一個(gè)公開(kāi)GWAS的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)（非基因型原始數(shù)據(jù)，而是是統(tǒng)計(jì)值數(shù)據(jù)，表型為牙齦溝液的interleukin (IL)‐1β表達(dá)水平）

※下載m6AVar數(shù)據(jù)庫(kù)的m6A相關(guān)SNP列表（http://m6avar.renlab.org）：包括13,703 個(gè)高度可信SNP位點(diǎn) (miCLIP/PA‐m6A‐seq experiments), 54,222 個(gè)中度可信位點(diǎn)(MeRIP‐Seq experiments)和245,076個(gè)低可信度位點(diǎn) (random genome prediction based on random forest algorithms)

※Haploreg數(shù)據(jù)庫(kù)查詢：HaploReg 數(shù)據(jù)庫(kù) (http://archive.broadinstitute.org/mammals/

haploreg/haploreg.php) 除了可以注釋SNP，同時(shí)還收集了很多SNP的調(diào)控信息，其中包括來(lái)源于13個(gè)人類表達(dá)數(shù)量調(diào)控性狀位點(diǎn)研究的數(shù)據(jù)（包括多種組織和細(xì)胞系），這樣便可以查閱SNP是否有證據(jù)在某種組織或細(xì)胞中調(diào)控某個(gè)基因表達(dá)的調(diào)控作用。

※RegulomeDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢：RegulomeDB (http://regulome.stanford.edu/) 和HaploReg數(shù)據(jù)庫(kù)類似，為基因組SNP提供了大量的調(diào)控證據(jù)數(shù)據(jù)，可以查詢SNP 是否影響蛋白結(jié)合，改變motif或者影響DNase，從而闡述SNP可能的調(diào)控作用。※NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)：NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)收錄了很多公開(kāi)的表達(dá)譜和測(cè)序數(shù)據(jù)，作者下載了牙齦組織基因表達(dá)相關(guān)的四個(gè)數(shù)據(jù)集。

研究結(jié)果

圖：研究流程圖和主要結(jié)果

※PD GWAS的陽(yáng)性關(guān)聯(lián)SNP與m6Avar數(shù)據(jù)庫(kù)下載的m6A-SNP取交集，共獲得104個(gè)PD相關(guān)m6A-SNP

※在Haploreg數(shù)據(jù)庫(kù)查詢這些SNP是否為所在基因eQTL，結(jié)果發(fā)現(xiàn)65個(gè)位點(diǎn)顯示eQTL信號(hào)，同時(shí)，研究者注釋了最陽(yáng)性的20個(gè)SNP的其它調(diào)控證據(jù)（下表）。

※針對(duì)這65個(gè)SNP，作者下載了GEO的牙齦表達(dá)數(shù)據(jù)，探究了這些SNP所在基因是不是在患者和對(duì)照中存在差異表達(dá)。最終，作者發(fā)現(xiàn)48個(gè)基因至少在一個(gè)數(shù)據(jù)中表達(dá)出差異表達(dá)，提示這些m6A SNP可能通過(guò)影響m6A修飾，進(jìn)而影響基因的表達(dá)，最終參與了PD疾病的發(fā)生，從而在PD GWAS研究中表現(xiàn)出陽(yáng)性信號(hào)。一個(gè)典型的PD相關(guān)位點(diǎn)rs2723183，與PD相關(guān)（P=3.93E-07）,同時(shí)調(diào)節(jié)IL37基因的的表達(dá)，并且IL37基因在3個(gè)數(shù)據(jù)集中的患者和對(duì)照牙齦組織存在差異表達(dá)。

研究結(jié)論

m6A-SNP可能通過(guò)調(diào)控基因的表達(dá)而參與PD疾病的發(fā)生發(fā)展。

通過(guò)這篇生信挖掘文章，至少有四個(gè)寶藏?cái)?shù)據(jù)庫(kù)值得大家了解，說(shuō)不定就可以讓你的研究事半功倍哦。

m6AVar數(shù)據(jù)庫(kù)：http://m6avar.renlab.org

Haploreg數(shù)據(jù)庫(kù)：http://archive.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php

RegulomeDB 數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www.regulomedb.org/

NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo